Karenanya gunung ini diberi nama Kelimutu yang berasal dari kata “keli” yang bermakna gunung dan “mutu” yang berarti mendidih. Di puncak gunung ini pula terdapat danau yang juga bernama Kelimutu dan merupakan danau kawah sebagai akibat dari aktifitas vulkanik Gunung Kelimutu. Yang membuat danau kawah ini menarik adalah warnanya yang berbeda pada masing-masing kawah, yakni merah, putih, dan biru. Masing-masing warna punya cerita dan kepercayaan sendiri loh. Yuk baca sampai akhir biar tahu apa saja ceritanya.
Danau Kelimutu berada di ketinggian 1.631 meter dari permukaan laut dengan luas mencapai 1.051.000 meter persegi. Sementara untuk volume airnya terdiri dari 1.292 juta meter kubik. Dinding batu sempit setinggi 50-150 meter menjadi pembatas antara danau yang satu dengan danau yang lain. Meski demikian dinding ini begitu mudah longsor dan cukup terjal dengan kemiringan mencapai 70 derajat. Cerita di danau ini berkaitan dengan kepercayaan yang dianut oleh masyarakat setempat. Menurut masyarakat setempat, warna pada masing-masing danau memiliki arti dan kekuatan yang berbeda, serta memiliki pengaruh yang besar bagi alam sekaligus sebagai tempat tinggal para roh. Misalnya saja warna merah dikenal sebagai “Tiwu Ata Polo” yang berarti tempat berkumpulnya para jiwa orang-orang yang dimasa hidupnya suka melakukan kejahatan. Kemudian danau yang berwarna putih atau “Tiwu Ata Mbupu” merupakan tempat berkumpulnya jiwa-jiwa orang tua yang telah tiada. Dan yang terakhir adalah danau yan berwarna biru yang juga disebut sebagai “Tiwu Nuwa Muri Koo Fai” dan merupakan atau tempat berkumpulnya jiwa muda yang telah meninggal. Di danau yang berwarna biru ini pula kerap berganti-ganti warna sebagaimana jiwa orang muda yang begitu menggelora. Karenanya setiap tahunnya masyarakat sekitar Gunung Kelimutu melakukan upacara Pati Ka Du’a Batu Ata Mata dengan memberikan sesaji berupa pinang, sirih, roko, nasi, daging, dan juga tuak kepada penghuni danau. Tak hanya memberikan sesaji, dalam upacara ini masyarakat juga melakukan tarian adat bernama tau Gawi.
Terkait dengan warna Danau Kelimutu sendiri, warna-warna masih bisa berubah kapan saja. Namun tidak ada yang tahu secara pasti kapan perubahan warna ini akan terjadi. Pertama kali ditemukan pada tahun 1915 oleh orang Belanda bernama Van Such Telen, danau ini berwarna merah, putih, dan biru, mirip dengan warna bendera Belanda. Kala disampaikan kepada masyarakat setempat perihal danau yang dianggap angker oleh mereka, mereka pun tak percaya. Namun kala melihat sendiri danau tersebut memang berwarna merah, putih, dan biru. Danau ini pun kemudian beberapa kali berganti warna. Misalnya saja di tahun 2013 lalu, danau yang berwarna merah atau dikenal dengan nama danau Ata Polo berubah menjadi warna coklat kemerahan. Sementara danau yang berwarna biru atau danau Nuwa Mori Koo Fai berganti warna menjadi putih. Kedua danau ini sejak tahun 1915 telah berubah warna sebanyak 45 kali. Dan danau yang Ata Mbupu berganti menjadi hitam dan telah berubah warna hanya 16-17 kali. Dan di April 2015 lalu, Danau Kelimutu kembali berubah warna. Danau Nuwa Mori Koo Fai berganti menjadi warna putih susu, danau Ata Polo berganti warna menjadi merah, dan danau Ata Mbupu berganti menjadi hijau. Jadi kini warna Danau Kelimutu menjadi merah, putih, dan hijau.
Para ilmuwan menyimpulkan bahwa perubahan warna yang terjadi pada Danau Kelimutu disebabkan oleh aktivitas vulkanik. Namun bagi masyarakat sekitar Danau Kelimutu perubahan warna ini pertanda akan terjadi sesuatu di bumi. Misanya perubahan warna yang terjadi pada tahun 1992 berkaitan gempa yang terjadi di Flores. Sementara perubahan yang terjadi di tahun 2004 dikaitkan dengan tsunami di Aceh. Namun, terkait dengan berbagai macam teori penyebab perubahan warna di Danau Kelimutu, danau ini memang benar-benar misterius. Karena tidak ada yang bisa menyaksikan secara langsung proses perubahan tersebut. Bahkan meski terlihat berwarn-warni, air di danau ini kala diambil tetap saja berwarna bening. Hem … emang penuuh warna deh nih danau
Oh iya, satu lagi cerita dari Danau Kelimutu. Sejak 26 Februari 1992, kawasan Kelimutu ditetapkan sebagai kawasan konservasi alam nasional. Dimana terdapat sejumlah hutan di sekitar sini, mulai dari Dipterokarp Bukit, Dipterokarp Atas, Montane dan juga Ericaceous. Umumnya penghuni hutan di kawasan Kelimutu terdiri dari kesambi, cemara, dan tak ketinggalan si bunga abadi, edelweiss. Untuk floranya ada rusa, babi hutan, elang, ayam hutan, dan masih banyak lagi. Karena termasuk dalam daftar tempat wisata andalan di Flores, sejumlah fasilitas telah tersedia di sini.